东汉后期，外戚和宦官交替独擅政权，引起士人的抗争，官方的儒学精神失去了以往的号召力，失去了对人心的控制。文人们陷于迷惘和痛苦中。鲁迅说的好：人最可悲的是，梦醒了而无路可走。这正是士子们的共同感受。于是，一部分文人开始产生新的思考，开始强调个人意识；另一部分文人，则顽强的维护儒学的统治，跟当权者作斗争，形成“清流派”。
朝廷和民间的一部分士大夫，联系时政，评论政治，反对宦官和外戚，写了大量的政论时评，席卷政治，军事，经济，文化等方面。
东汉中期的王符，出身寒门，为人鲠直，不与俗世相沉浮，终身不仕，以“潜夫”自号。他的《潜夫论》批判了京师贵族的奢侈糜烂的生活风气，衣服华丽，车马高大，饮食浪费，门第辉煌，竞相比富，蔚为风气；批判了当时渐渐形成的士族和门阀制度，社会矛盾开始转变，细族和豪族的斗争开始政治化。
汉末的仲长统，风流倜傥，敢于直言，不拘小节，当时的人都称他为“狂生”。他生活在建安时期，汉朝已经名存实亡，因而他的思想更为解放，批判更为锋芒。他的笔触，一样伸入各个社会环节，或者批判门阀制度，或者批判外戚宦官，或者批判贵族的奢靡，或者批判图谶迷信。不过，仲长统的目的并不是去力挽狂澜的改造这个社会，而是早于陶渊明建立了一个桃花源式的社会：濯清水，追凉风，钓游鲤，弋高鸿。讽于舞樗之下，咏归高堂之上……逍遥一世之上，睥睨天地之间；不受当时之责，永保性命之期。
当然这是一种理想的人生，不可能在现实中获得彻底的实现，它有点像孔子的生活理想，目的当然是为了避世，不过，社会基础不同，仲长统的理想是建立在东汉末年的庄园经济的基础上。面对乱世，一些士人决心不再为帝王效劳，不再把自己的价值实现在帝王的身上。这一部分人，疏离了政治，淡薄了国家意识，强化了个人意识。他的生活理想，开了后来魏晋时期士人的生活风气。
与仲长统同时的蔡邕，博学多才，文章的清丽典雅，并不能掩饰他对社会的强烈批判，他的批判更严厉。他建议废除东汉以来各个君王的庙号，对东汉中后期的政治加以否定；他撰修的东汉国史，被称为“谤书”，遭到焚毁。在批判时政的同时，他依仗文采，给那些有名望的人，写了很多碑文，文章极尽夸张和虚饰之能事，因而被称为“谀墓”。
蔡邕的身上，也体现了觉醒的个人意识，东汉末道德的沦丧；他似乎认为自我放纵才能体现他的价值，他把自己作为一个狂人，可以率性而为。作为一个历史学家，他没有应有的清醒态度和理性的精神，书生义气太浓，为了所谓的知遇之恩，竟然在董卓暴尸街头之后，在那具肥胖的尸体面前哭嚎了几声，难道是学习蒯通哭泣韩信么？"抚尸痛哭"经常是一件导致杀身之祸的危险行为，可惜王允不是刘邦，他没有刘邦的度量和城府，他不会让一个亲近政敌的活在世上。或许蔡邕只是一次玩火，自己的德高望重能够摆平一切，太天真，太相信自己。
蔡邕没有机会了，我想，在他引身就戮的一刹那，会在心里大声呼喊：我虽然没有机会为你王允立传记，但你的千古恶人的形象必定会被世人广泛流传，永远生活在世人的口诛笔伐中。当然，他的天谴式的誓言并不能得到实现，因为，历史的评判不会因为某个人的好恶而改变，对于历史人物的千秋功罪，老百姓心中自有一杆秤。王允的举动，毕竟有他的历史进步性，历史不会偏向蔡邕的一边。
蔡邕又叫蔡伯喈，明代有一出《琵琶记》的南戏，说的是蔡怕偕中状元后，不认发妻赵五娘，另外娶了丞相之女，这摆命是诬陷古人。东汉时根本没有状元，也没有另娶丞相之女这回事。对此南宋陆游曾感叹系之地说：“身后是非谁管得，隔村听唱蔡中郎。”也算是为他平了反罢。
东汉以降，迷信思想和图谶之学在光武帝的宣扬下，大为盛行，但遭到了正直人士的强烈反对，率先起来反抗的是桓谭。他一再上书光武帝，废除谶纬之学，言辞激烈，以至差点遭到杀身之祸。不久，出身寒门的王充站在儒学的立场上，抨击了官方的宗教化和庸俗化的意识形态。批判了天人感应的学说，倡导了文化中的理性精神，击破了虚妄的迷信说法。在地方上，道家思想也泛滥成灾，尤其是陕西南部和四川的部分地区，很多人信守“五斗米道”，最终形成了东汉末张鲁的割据政权。黄巾起义，领袖张角等三兄弟也是以宗教组织“太平道”的名义号招起义的。统治阶级宣扬的迷信思想非但成为麻醉人民的工具，而是变成了人民反抗专制的有利武器。
“举秀才，不知书；举孝廉，父别居。寒素清白浊如泥，高策良将怯如鸡”，这是东汉末年的民谣，讽刺了宦官当政时期的人心不蛊和社会价值体系的崩溃。
大臣李膺作司隶校尉时，猛烈惩办宦官，使宦官嚣张气焰有所收敛；后来他又斩杀与宦官关系密切的张成，名望增高，士人与他交游被人们誉为“登龙门”。宦官怀恨在心，诬告李膺等与太学生结党营私，诽谤朝政，并将他们定为“党人”，逮捕后判处终身禁锢，永不录用。
几年后，宦官再次以朋党之罪逮捕社会正直之士，并扩大了禁锢的范围，太学生一千多人被捕，李膺等一百多人遭受酷刑，惨死在狱中，历史上称之为“党锢之祸”。“党锢之祸”对士大夫的打击是惨重的，朝廷内外官职几乎全被宦官集团占据了，国家陷入了空前的腐败。从此，东汉一蹶不振，并很快导致了黄巾起义。那些残留在社会上的清流之士，纷纷躲避江南和陇蜀之地，文学创作处于低谷。
民间文学开始盛行，出现了大量的反映现实的乐府诗，与此同时，文人的五言诗创作也小有成绩，出现了后来人编选的《古诗十九首》。